Κατά τη διάρκεια της πολεμικής σύγκρουσης του Σουλτάνου Μαχμούτ Β΄ με τον Αλή Πασά, που διήρκησε σχεδόν δυο χρόνια, το μεγαλύτερο μέρος του θησαυρού, σε νομίσματα, χρησιμοποιήθηκε για να καλυφθούν η διατροφή και η μισθοδοσία των στρατιωτικών δυνάμεων του Αλή και των γιών του Μουχτάρ, Βελή και Σαλήχ.
Ωστόσο, οι πολύτιμοι λίθοι ήταν δύσκολο, υπό τις συνθήκες της πολιορκίας, να εκποιηθούν, αλλά και να μεταφερθούν σε ασφαλή κρυψώνα.
Τελευταία, στα ρωσικά αρχεία βρέθηκε μια αναφορά του Θανάση Βάγια (με ημερομηνία 1827) προς τον Ρώσο πρεσβευτή στην Κωνσταντινούπολη, στην οποία περιγράφει τις τελευταίες ώρες της πολιορκίας. Ο Βάγιας, δεξί χέρι του Αλή Πασά, όπως επισημαίνει η κ. Κλιάφα, εξιστορεί ότι όταν ο τελευταίος πληροφορήθηκε την προδοσία, κλείστηκε στο δεύτερο κάστρο, όπου βρισκόταν και η μπαρουταποθήκη.
Πρόθεσή του ήταν να βάλουν οι άνθρωποί του φωτιά στο μπαρούτι και ν’ ανατιναχθούν όλοι μαζί. Προτού, όμως, το πράξει αυτό, ζήτησε από τον πολιορκητή του, τον Χουρσίτ πασά, να γράψει στην Πύλη να του στείλει συγχώρεση. Μετά από λίγες μέρες, ο Χουρσίτ πασάς ειδοποίησε τον Αλή πασά ότι δήθεν ήρθε από την Πύλη το φιρμάνι με τη συγχώρεση.
Ο Αλή πασάς τον πίστεψε και ήσυχος πήγε για πέντε - έξι μέρες στο νησί της λίμνης για να τακτοποιήσει κάποιες υποθέσεις του, ενώ ο Βάγιας έμεινε στο κάστρο να ετοιμάσει την μεταφορά των θησαυρών.
Κατά τα γραφόμενα του Βάγια- αναφέρει η Μαρούλα Κλιάφα- «το μάλαμα, το ασήμι, τα τζεβαηρικά, μαργαριτάρια και λοιπά αξιόλογα πράματα γένονταν χίλια διακόσια φορτώματα. Ο Ρουσίτ πασάς έστειλε δυο βεζιράδες και εσκότωσαν τον Αλή πασά εις το νησί και μετά ο Ρουσίτ μόνος του ήρθεν εις το μέσα κάστρο και με έπιασεν εμένα και εξουσίασεν και όλο το βιό μας».